Les options de traitement biologique pouvant être appliquées pour le traitement des eaux usées domestiques sont les boues activées, le réacteur discontinu séquentiel (AKR - SBR), les boues activées à longue aération (UHAÇ), le filtre bactérien, le biodisque rotatif. Des valeurs nécessitant une élimination par traitement biologique poussé (points sensibles à l'élimination de l'azote et du phosphore) sont également obtenues telles que Bardenpho, A/O, A2/O.