Les processus biologiques ne dépendent pas uniquement des processus physiques et chimiques dans le traitement de l'eau, mais ils peuvent améliorer l'efficacité des autres processus. L'efficacité des processus biologiques dépend du type et de la quantité de microorganismes présents dans l'eau, ainsi que de la température de l'eau, de la valeur du pH et du niveau d'oxygène. L'efficacité et l'efficience des processus biologiques doivent être surveillées en continu et ajustées si nécessaire.